グループ沿革

1969年 8月	札幌市北区において受託臨床検査を目的として資本金130万円にて株式会社第一臨床検査センターを設立。
1981年 11月	北海道旭川市に設立された株式会社第一臨床検査センターに資本参加。
1988年 3月	株式会社第一臨床検査センター（旭川市）を吸収合併。
1988年 10月	本社を札幌市東区に移転。
1989年5月	株式会社オータニを吸収合併し、ドラッグストアを承継。臨床検査事業を診断事業部、販売事業をリテール事業部（のちの物販事業部、現リテール事業）とする事業部制を採用。
1993年 5月	北海道旭川市に「第一薬局」（現アイン薬局豊岡店）を開局し、薬局事業に参入。
1994年 3月	日本証券業協会に株式を店頭登録。資本金12億8,118万円となる。
1994年 5月	薬局名称を「アイン薬局」に統一。
1994年6月	東京都新宿区に子会社の株式会社アインメディカルシステムズ（現　株式会社アインファーマシーズ）を設立。
1995年 5月	薬局事業を物販事業部（現リテール事業）から分離し、医薬事業部（現ファーマシー事業）を新設。
1996年 10月	ドラッグストア店舗名称を「アインズ」に統一。
1998年 10月	臨床検査事業の全部を株式会社第一臨床検査センター札幌ラボラトリーに営業譲渡。
1998年 11月	株式会社アインファーマシーズに商号を変更。
1999年 2月	丸紅株式会社と株式会社アインメディカルシステムズ（現　株式会社アインファーマシーズ）との三者間で、薬局事業に関する業務提携及び資本提携契約を締結。
1999年 3月	丸紅株式会社に対し、第三者割当増資を実施。資本金14億4,993万円となる。
1999年 10月	第三者割当増資を実施。資本金28億8,193万円となる。
2002年 10月	株式会社アインメディカルシステムズ（現　株式会社アインファーマシーズ）が日本証券業協会に株式を上場。札幌市中央区に新業態のコスメ&ドラッグストア「アインズ&トルペ地下街店」を出店。
2003年 7月	沖縄県沖縄市に「アイン薬局知花店」を開局。
2004年 1月	コスメ&ドラッグストア業態への事業集約のため、関東地区のドラッグストアを営業譲渡。
2004年 9月	医療に関するコンサルティング及び情報誌を販売する株式会社メディウェルを子会社化（2007年４月期より連結子会社）。
2006年 4月	株式会社ホールセールスターズ（連結子会社）を設立し、ジェネリック医薬品の卸売業を開始。
2007年 1月	株式会社ダイチク（現株式会社アイン北陸）を子会社化。
2007年 6月	株式会社あさひ調剤（現株式会社アイン中央）を子会社化。
2008年 6月	株式会社アインメディカルシステムズ（現　株式会社アインファーマシーズ）との株式交換により、同社を完全子会社化。
2008年 8月	株式会社セブン&アイ・ホールディングスと業務提携及び資本提携契約を締結。
2009年 4月	東京証券取引所市場第二部に株式を上場。
2009年 6月	株式会社セブン&アイ・ホールディングス、株式会社イトーヨーカ堂及び株式会社セブン-イレブン・ジャパンと共同出資により、ドラッグストア運営会社「株式会社セブンヘルスケア」を設立。
2010年 4月	東京証券取引所市場第一部指定。
2010年 5月	札幌証券取引所に株式を上場。
2013年 11月	本社を札幌市白石区に移転。
2015年 9月	株式会社アユーララボラトリーズを子会社化。
2015年 11月	持株会社体制への移行に伴い、商号を株式会社アインホールディングスに変更し、事業部門に関する権利義務を連結子会社である株式会社アインファーマシーズに承継。
2017年 10月	公募及び第三者割当増資を実施。資本金218億9,497万円となる。
2020年 3月	シダックス株式会社と業務提携契約を締結、同社子会社シダックスアイ株式会社（現株式会社アインファーマシーズ）を子会社化。
2022年 4月	東京証券取引所の市場区分見直しにより、市場一部からプライム市場へ移行。
2022年 5月	株式会社ファーマシィホールディングス（現株式会社ファーマシィ）を子会社化。
2024年8月	株式会社Francfrancを子会社化。
2025年4月	株式会社エーアンドエムを子会社化。